El nombre de Fonz es conocido desde la más remota antigüedad. En su término municipal se localizan varios yacimientos arqueológicos de la Edad de Hierro y del Bronce, como el Tozal de la Gaya, el de la Manzana o el de Urría.
La primera documentación escrita aparece en la crónica de Al Razi con la llegada a Fonz de Musa Ibn Nusayr y sus ejércitos a finales del año 714, manteniéndose en poder de los árabes hasta su reconquista por Ramón Berenguer IV en 1140-1144. Durante este tiempo, construyeron un castillo-fortaleza en la parte más alta de la colina sobre la que se asienta Fonz, del que no queda más que el nombre de una calle “ La Forza” y posibles restos de la muralla.
Fue el mismo Ramón Bernguer IV el que cedió la villa a la Orden del Temple, y posteriormente fray Melchor Rovira ( maestre templario) la permutó el 6 de junio de 1149 por el monte Gardeny de Lérida, hecho que será determinante en el devenir histórico de la población. Del paso de los templarios por la localidad queda posiblemente la parte baja de la fachada lateral del ayuntamiento, y en Cofita la iglesia de Sta. Mª Magdalena.
Durante la Edad Media, las fronteras de Aragón y Cataluña van cambiando según las circunstancias políticas, y Fonz pasó de un lado a otro hasta que el Rey Jaime II declaró finalmente en el año 1300 que las comarcas de la Ribagorza, La Litera y Fraga eran territorio del reino aragonés.
En esta época tuvo tres recintos amurallados a lo largo de la ladera en la que se fue escalonando el casco urbano y de los que se conservan las posibles puertas en forma de paso bajo arco ( arco de Codera, el portal de Febas, el Portalé y el portal de Moner).
Según un documento del S. XV las autoridades municipales de entonces tenían ya gran preocupación por el abastecimiento de agua de la localidad y elaboró un proyecto de conducción para traer el agua desde el manantial del Ojo la Fuente hasta la plaza. A finales de este siglo se realizó una de las joyas que se guardan en, el retablo de Santa Ana que encargó un obispo auxiliar de Lérida para la capilla del Hospital de Santa Ana y que ahora se guarda en la iglesia parroquial.
La época de esplendor llegó en el S. XVI en el que la confluencia de la prosperidad económica y el ser elegida como lugar de veraneo por el obispo de Lérida y otras familias nobles conllevó la construcción de numerosos palacios y mansiones señoriales, de los cuales perduran todavía una decena. También se construirá la fuente de seis caños en 1567, que se convertirá en imagen y escudo de la villa, y a principios del S.XVII con la colaboración económica de todos los vecinos se emprenderá la construcción de la impresionante iglesia parroquial. En el S.XVI vivió uno de los personajes que más nombre han dado a Fonz, el obispo Pedro Cerbuna, fundador de la Universidad de Zaragoza en 1583.
En la Guerra de la Independencia jugaron papeles muy destacados Pedro Mª Ric, uno de los hijos más ilustres de la localidad y su esposa, la Condesa de Bureta. Él era el Regente de la Real Audiencia de Aragón y estuvo al lado del general Palafox en la defensa de Zaragoza y posteriormente representó a Aragón como diputado en las Cortes de Cádiz de 1812. En Fonz estableció un plan de defensa de la zona y la condesa se encargaba de enardecer los ánimos de los foncenses dando ejemplo de valor y coraje. En 1809 tuvo lugar la Batalla del Cinca, con participación de varios pueblos de la comarca en la que se obtuvo una gran victoria y se celebró organizando un desfile de los prisioneros franceses ante los balcones del Regente y la condesa.
Tras esta guerra se vivió un largo periodo de paz, ya que las guerras carlistas le tocaron de una forma muy tangencial. En la de 1936 volvió a vivirse nuevamente la tragedia, sufriendo además la pérdida de gran parte del patrimonio religioso que poseía.
Actualmente es una localidad orgullosa de su pasado que está luchando por dar a conocer su grandeza histórico-artística. Sus gentes son activas y no miran sólo a épocas pasadas sino que son conscientes de que la historia se va escribiendo día a día y que ahora son ellos los que tienen que seguir haciendo que Fonz siga ocupando el lugar destacado que le corresponde.